Un traitement simple consiste à utiliser du sulfure de sélénium sous forme de shampoing (par exemple, Selsun), que l’on laisse agir quelques minutes sur la peau pendant la douche. Cela permet généralement d’éliminer l’agent pathogène en 2 à 3 semaines. Les antifongiques topiques à base d’imidazole (par exemple le clotrimazole), les shampoings au kétoconazole ou les crèmes à la terbinafine sont également efficaces contre les espèces de Malassezia. Il est également possible de recourir à un traitement systémique à base d’itraconazole (200 mg par jour pendant 7 jours). Le pityriasis versicolor présentant souvent des récidives, il est parfois nécessaire de répéter le traitement. Les zones claires de la peau peuvent persister pendant un certain temps, jusqu’à ce que la pigmentation cutanée normale se soit régénérée ; cela ne signifie pas un échec thérapeutique, mais fait partie du processus naturel de guérison.