Le choix du traitement dépend de la taille, du nombre et de la localisation des verrues, ainsi que de facteurs individuels. Souvent, plusieurs méthodes sont associées afin d’éviter les récidives :

Ablation par « shave » : les lésions visibles sont soigneusement excisées sous anesthésie locale afin d’éliminer les tissus contaminés par le virus. Thérapie au laser : les condylomes peuvent être vaporisés avec précision à l’aide d’un laser au CO₂ ou d’un laser bleu. Cette méthode est particulièrement adaptée aux lésions étendues ou difficiles d’accès. Traitement local à base de principes actifs : des préparations contenant des substances immunostimulantes ou nécrosantes (par exemple l’imiquimod, la podophyllotoxine ou l’acide trichloracétique) sont appliquées plusieurs fois par semaine sur les zones touchées. Cryothérapie (congélation) : l’azote liquide détruit les cellules infectées par le froid. Plusieurs séances peuvent s’avérer nécessaires. Excision chirurgicale : en cas de condylomes très volumineux ou résistants au traitement, une ablation chirurgicale peut s’avérer indiquée.